تحلیل رفتار DNA در گذر از ریز ساختارها بر اساس معادله فوکر-پلانک و مدل سد آنتروپی

Authors

  • روحانی, شاهین
  • سربلوکی, محمدنبی
  • فاطمی, آروین
Abstract:

We considered the motion of DNA molecules through a hexagonal array under uniform electric fields as a Fokker-Planck process which is affected by the entropic barriers and we have simulated this motion by computer. We solved the Fokker-Planck equation with numerical simulation of the Brownian dynamics by the Euler method. For different DNA molecules, under different physical conditions, the mean value of velocity, variance, and < x2 > have been calculated, and the results have been compared with the Phase Diagram of our previous results. In the light of this comparison we could find the physics of the DNA behavior in different regimes. It is observed that in regime-1 (small DNA molecules under weak Electric force) we have a pure diffusion process, in regime-3 (large DNA molecules under high Electric field) the entropic barrier model is the dominated physics, and in regime-2 (medium DNA molecules under medium and relative high Electric fields), which is a more complicated regime we have a drifted diffusion phenomenon.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

تحلیل رفتار dna در گذر از ریز ساختارها بر اساس معادله فوکر-پلانک و مدل سد آنتروپی

حرکت مولکولهای dna از میان یک آرایه شش وجهی از ستونهای ریز تحت میدان الکتریکی یکنواخت به عنوان یک فرآیند فوکر-پلانک که متاثر از مدل سدآنتروپی نیز هست به وسیله کامپیوتر شبیه سازی شد و معادله فوکر-پلانک حاکم بر رفتار آنها به روش شبیه سازی عددی دینامیک براونی، با روش اولر حل شد. میانگین زمانی سرعت، واریانس و میانگین < x2 > در یک زمان معین، برای مولکولهای مختلف dna در شرایط مختلف محاسبه و با نتایج ...

full text

اسکویید dc ، انکویید و نانواسکویید ”پیش‌بینی‌‌رفتارها با استفاده از حل تحلیلی معادله فوکر- پلانک“

 By defining the loop inductance for NQUID and considering sinusoidal Fourier series for the current-phase relations of its nanowires and replacing two Langevin equations with one two-dimensional Fokker-Planck equation, we have obtained analytical relations for the characteristics of the asymmetric NQUID. On the other hand for DC SQUIDs and nanoSQUID, we have to consider simultaneously the effe...

full text

جواب‌های وابسته به زمان معادلات فوکر- پلانک غیر خطی مربوط به توابع دلخواه از آنتروپی تسالیس

The nonlinear Fokker-Plank equations can be related to generalized entropies. We investigate the stationary solutions of Fokker- Plank equations which are related to entropies defined as arbitrary functions of Tsallis entropy. Also the transient solutions of the equations are determined for linaer drifts.

full text

اسکویید dc ، انکویید و نانواسکویید ”پیش بینی رفتارها با استفاده از حل تحلیلی معادله فوکر- پلانک“

ما با تعریف القاییدگی حلقه انکویید، در نظر گرفتن بسط فوریه سینوسی برای رابطه جریان- فاز هر نانوسیم آن ، و جایگزین کردن یک معادله فوکر- پلانک دو بعدی به جای دو معادله لنجوین، روابط تحلیلی برای رفتارهای انکویید نامتقارن به دست آورده ایم. از طرف دیگر علاوه بر مورد انکویید، در مورد اسکوییدهای dc و نانواسکویید هم، در نظرگرفتن همزمان آثار انحراف رابطه جریان- فاز از شکل سینوسی، آثار افت وخیزها و نوفه ...

full text

معادلات فوکر-پلانک غیر خطی وابسته به آنتروپی های تعمیم یافته

مکانیک آماری بولتزمن-گیبس بر پایه ی انتروپی sbg بنا شده است این آنتروپی برای برخی سیستم ها توصیف دمایی موفقی دارد? مانند سیستم هایی که شامل بر همکنش های کوتاه برد و فرآیند های مارکوین هستند اما برای سیستم هایی که دینامیک میکروسکپی پیچیده تری دارند مفهوم آنتروپی باید تعمیم یابد. در این پایان نامه به طور خلاصه تعریف نتایج و کاربرد های آنتروپی تسالیس را که تعمیمی از آنتروپی معمول بولتزمن –گیبس می...

15 صفحه اول

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 9  issue 2

pages  185- 193

publication date 2009-09

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Keywords

No Keywords

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023